Cytogenetica

Datum laatste herziening: 21-05-2014

Tumor(cyto)-genetisch onderzoek (cytogenetica, FISH en array)

Aanvraagprocedure en in te zenden materiaal (instructies)

Toelichting

Chromosoomafwijkingen

Verwante pagina's

Links in deze pagina

Tumor(cyto)-genetisch onderzoek (cytogenetica, FISH en array)

Aanvraagprocedure en in te zenden materiaal (instructies)

  1. Het materiaal kan uitsluitend na telefonisch overleg verstuurd worden t.b.v. controle op vervoer, aankomsttijd, laboratoriumplanning en optimale diagnostiek. U kunt een afspraak maken via telefoonnummer: 050-3617138, b.g.g. 050-3617233. Beenmerg- (en eventueel bloed-) kweken, bij voorkeur alleen insturen op maandag t/m donderdag (dan voor 14u), vrijdag alleen na telefonisch overleg.
  2. Aanvraagformulier (aanwezig op het dagcentrum interne of via https://www.umcg.nl/SiteCollectionDocuments/UMCG/A[...] ) zo zorgvuldig mogelijk invullen: er zijn directe gevolgen voor de protocollaire (aanvullend) FISH- of array diagnostiek.
  3. Materiaal:

Voor intern UMCG: direct na afname, materiaal en aanvraagformulier door Genoomdiagnostiek team 5 laten halen (even bellen!). Voor periferie: zsm per taxi naar Genetica laten brengen. Het materiaal moet zo spoedig mogelijk en voor 14.00 uur op het lab zijn.

Voor vragen omtrent indicatiestelling, technische problemen of uitslagen m.b.t. tumor(cyto)-genetica kunt u zich direct wenden tot mw. dr. E. van den Berg, telefoonnummer: 050-3617134, b.g.g. 050-36 17138/17233 of e-mail: e.van.den.berg-de.ruiter@umcg.nl of bij afwezigheid tot het dienstdoend staflid Genoomdiagnostiek, telefoonnummer: 46134 (06-31623416) of via email: <Genetica T4-5 TL en Regieanalisten>

Postadres:  Bezoekadres:
Afdeling Genetica  Afdeling Genetica
Sectie Cytogenetica, KTC  Sectie Cytogenetica, KTC
P.O. box 30001  Ingang 47 (Oostersingel)
9700 RB GRONINGEN  2e verdieping, kamer E2.030

Bij verdenking promyelocytenleukemie (APL) kan spoed FISH diagnostiek (zgn. FastFISH methode) worden verricht. Indien het beenmerg voor 12u binnen is, kan in de meeste gevallen binnen 4 uur een uitslag gegeven worden of de t(15;17)(q24;q21) aanwezig is.

Bij verdenking CLL wordt tegenwoordig een array onderzoek verricht op DNA. Alleen in die gevallen waar ook lymfoom als indicatie is aangegeven op het aanvraagformulier wordt aanvullend chromosomenonderzoek verricht of FISH onderzoek voor de t(11;14)(q13;q32) ingezet.

Bij verdenking multiple myeloom (M. Kahler) wordt cf. de landelijke richtlijnen alleen FISH onderzoek verricht naar chromosomale afwijkingen met prognostische betekenis. Alleen als ook op het aanvraagformulier een andere indicatie is aangegeven, wordt aanvullend chromosomenonderzoek verricht.

U ontvangt van ons – per e-mail – een voorlopige uitslag van het chromosomenonderzoek na 5 werkdagen. De normale duur van de uitslag van een volledig chromosomenonderzoek is 4 weken.

Voor de FISH en arrayonderzoeken staat een uitslagtermijn van 2 weken.

Toelichting

Indicaties

Cytogenetisch onderzoek naar verworven chromosomale afwijkingen in cellen uit beenmerg en lymfomen kan belangrijke informatie verschaffen m.b.t. de diagnose en prognose van hematologische maligniteiten, zoals acute leukemie, chronische leukemie en maligne lymfoom, zowel bij presentatie als tijdens het beloop.

Ten eerste is het vinden van clonale cytogenetische afwijkingen in een beenmergkweek of in sommige gevallen een bloedkweek een bewijs voor het bestaan van monoclonaliteit en daarmee een sterke indicatie voor eenmaligniteit.

Tot nu toe zijn meer dan 50 karakteristieke chromosomale afwijkingen beschreven bij acute leukemie, zowel myelo´de (AML) als lymfatische (ALL) en myelodysplasie (MDS) (zie tabel 1- 3). Ook bij chronischmyeloproliferatieve en lymfoproliferatieve aandoeningen en maligne lymfomen worden chromosomale afwijkingen gevonden (zie tabel 4).

Ten tweede levert cytogenetische informatie een belangrijke indicatie voor de prognose. Een ALL met meer dan 50 chromosomen en zonder structurele chromosomale afwijkingen (een zgn. hyperdiplo´de ALL) is prognostisch gunstig, vooral bij kinderen, evenals een AML met een t(8;21). Een ALL met t(9;22) of t(4;11) en ook pseudodiplo´die hebben een ongunstige prognose.

Samenvattend is genetisch onderzoek van hematologische maligniteiten dus van belang bij diagnose, prognose en therapiekeuze, maar zeker ook belangrijk voor het vaststellen en controleren van remissie na inductietherapie en stamceltransplantatie, evaluatie van tumorprogressie, bijvoorbeeld van CML van chronische fase naar blastencrisis, en bij de diagnostiek van secundaire maligniteiten.

Er is een handige website met een gedetailleerd overzicht van (cyto)-genetische afwijkingen in de hematologie en oncologie, zie http://atlasgeneticsoncology.org. (Cave: check onderaan de pagina hoe recent de informatie is!)

Chromosoomafwijkingen

Tabel 1. Karakteristieke chromosoomafwijkingen in AML, CML en andere myeloproliferatieve afwijkingen.

Type leukemie/myeloproliferatieChromosoomafwijkingBetrokken genen
AML  
AML met t(8;21)t(8;21)(q22;q22)RUNX1-RUNX1T1
AML met t(15;17), (= APL, M3)t(15;17)(q24;q21)PML-RARA
Atypische APL (M3)t(11;17)(q23;q21)PLZF-RARA
AML met inv(16); (= M4Eo)inv(16)(p13.1;q22) ofCBFB-MYH11
 t(16;16)(p13.1;q22)CBFB-MYH11
AML myelo/mono (M4/M5)t(6;11)(q27;q23)MLLT4-MLL
 t(9;11)(p22;q23)MLLT3-MLL
AML-megakaryo (M7)t(1;22)(p13;q13)RBM15-MKL1
AML (algemeen)t(3;3)(q21;q26) of inv(3)(q21q26)RPN1-EV11
 t(3;5)(q25-26;q34)MLF1-NPM1
 t(6;9)(p23;q34)DEK-NUP214
 t(7;11)(p15;p15)HOXA9-NUP98
 t(8;16)(p11;p13)MOZ-CBP
 t(9;12)(q34;p13)ABL-ETV6
 t(12;22)(p13;q11-12)ETV6-MN1
 t(16;21)(p11;q22)FUS-ERG
 -5 of del(5q) 
 -7 of del(7q) 
 del(20q) 
 del(12p)ETV6, e.v.a. nog unknown
Therapie gerelateerde AML-7 or del(7q) en/of 
 -5 of del(5q)unknown
 t(11q23)MLL
 t(3;21)(q26;q22)MDS1/EVI1-AML1
CMLt(9;22)(q34;q11)ABL-BCR
CML blasten faset(9;22),+8,+Ph,i(17q)ABL-BCR
CMMOLt(5;12)(q33;p13)PDGFRbeta-ETV6
Chronische eosinofiele leukemiePDGFRalfa (4q12) rearrangedFIP1L1-PDGFRalfa
 8p12 syndroom:
  • t(8;9)(p12;q33)
  •  t(8;13)(p12;q12)
  • t(6;8)(q27;p12)
         
FGFR1-rearranged
FGFR1-CEP110
FGFR1-ZNF198
FGFR1OP-FGFR1
 t(5;12)(q33;p13)PDGFRbeta-ETV6
Polycythemia Vera JAK2V617F mutatie (100%)
EssentiŰle Trombocytemie JAK2V617F mutatie (50%)
Myelofibrose JAK2V617F mutatie (50%)
Systemische mastocytose c-KIT mutatie, merendeel D816V
Systemische mastocytose met eosinofilie FIP1L1-PDGFRalfa

Tabel 2. Karakteristieke chromosoomafwijkingen bij ALL.

Fenotype ALLChromosoomafwijkingBetrokken genen
T lineage-ALL  
 t(1;14)(p34;q11)LCK-TCRδ
 t(1;14)(p32;q11)TAL1-TCRδ
 TAL1Del
 t(7;9)(q35;q32)TCRβ-TAL2
 t(7;9)(q35;q34)TCRβ-TAN1
 t(7;7)(p15;q11)TCRγ-?
 t(7;14)(q35;q11)TCRβ-TCRδ
 t(8;14)(q24;q11) 
 inv(14)(q11;q32) 
 t(14;14)(q11;q32) 
 t(10;14)(q24;q11) 
 t(11;14)(p15;q11) 
 t(11;14)(p13;q11) 
B lineage-ALL  
Pro-pre-Bt(1;19)(q23;p13)PBX-TCF3(E2A)
 t(12;21)(p13;q22)(ETV6-RUNX1)
B(Sig+) (Burkitt leukemie/lymfoom)t(8;14)(q24;q32)MYC-IGH
 t(2;8)(p12;q24)IGK-MYC
 t(8;22)(q24;q11)MYC-IGL
B of B-myeloidt(9;22)(q34;q11)ABL-BCR
 t(4;11)(q21;q23)AF4-MLL
 t(11;19)(q23;p13.3)MLL-ENL
Overige50-60 chromosomen (hyperdiploidie) 
 t(5;14)(q31;q32)IL3-IGH
 del(9p),t(9p)?CDKN2(P16)
 t(9;12)(q34;p13)ABL-ETV6
 del(12p)ETV6

Tabel 3. Karakteristieke chromosoomafwijkingen bij MDS.

Chromosoomdefect MDSFrequentie (%)
-55-10
del(5q)30
-720-25
del(7q)5-10
+820
del(20q)5-10
+215-10
-Y5-10
  
Prognose:
  • Relatief goed: ge´soleerde del(5q), ge´soleerde del(20q), -Y en normaal karyotype.
  • Relatief slecht: complexe karyotypen (#3 afwijkingen), chromosoom 7 afwijkingen.
  • Intermediair: overige cytogenetische afwijkingen.
      

Tabel 4. Karakteristieke chromosoomafwijkingen bij rijpcellige B en T cel lymfatische maligniteiten inclusief multipel myeloom.

FenotypeChromosoomafwijkingBetrokken genen
Rijpe B cel maligniteiten  
CLLdel(17p), del(11q) of +12Ongunstige prognose
 del(13q)Gunstige prognose
   
B-PLL14q+, t/del(12)(p12-p13)IgH
HCL14q+, 14q32 involvementIgH
Lymfoplasmacytair lymfoomt(9;14)(p13;q32)PAX5-IGH
MALT lymfoomt(11;18)(q21;q21)API2-MALT1
Mantelcel lymfoomt(11;14)(q13;q32)
NB: komt ook voor bij B-PLL en 10% multiple myeloom
BCL1-IGH
Burkitt lymfoomt(8;14)(q24;q32)MYC-IGH
 t(2;8)(p12;q24)IGκ-MYC
 t(8;22)(q24;q11)MYC-IGλ
Folliculair lymfoomt(14;18)(q32;q21)IGH-BCL2
 t(2;18)(p11;q21)IGκ -BCL2
 t(18;22)(q21;q11)BCL2- Igλ
DLBCL3q27 involvementBCL6
 14q32 involvementIgH
 8q24 involvementMYC
 18q21 involvementBCL2
Multipel myeloomdel(13q)/-13RB1
 14q32 involvementIgH
 t(11;14)(q13;q32)BCL1-IgH
 multipele andere afw. 
Rijpe T cel maligniteiten  
ALCL, alk+t(2;5)(p23;q35)ALK-NPM1
T-NHL14q11 involvementTCRα/δ
T-PLLinv(14)(q11q32.1)TCRα/δ en TCL-1
 t(14;14)(q11;q32.1)TCRα/δ en TCL-1
 del(11)(q22-23)ATM
 t(X;14)(q28;q11)MTCP1- TCRα/δ
 Additionele afw. chr.8, met name iso(8q) 
ATLL14q+;14q11;del(6q) 
 i.h.a. zeer variabel en complex 


LINKS IN DEZE PAGINA:
- e.van.den.berg-de.ruiter@umcg.nl
- http://atlasgeneticsoncology.org
- https://www.umcg.nl/SiteCollectionDocuments/UMCG/A[...]

Printerversie PrinterversieMail deze pagina Mail deze pagina


ę UMCG  |   Disclaimer